天津水质监测工作较发达国家而言起步较晚，仍存在一些问题，主要可概括为以下几方面：
（1）缺乏针对性的水质检测标准

       目前我国执行统一的水质检测标准，未考虑到不同地区、不同水体存在差异性。以饮用水为例，对于污染程度较为严重、水源状况较为复杂的地区，即使对水质进行了全分析，仍可能存在某些污染物未被祛除的情况，需要对一些针对性更强的细化指标再做测定；对于水源质量较好的地区，对其进行大范围的分析则是监测资源的浪费。

（2）缺乏专业人才
      天津水质监测技术的不断提升，对操作人员的专业素质要求也随之提高。尤其是负责自来水水质监测的技术人员，不仅需要熟练操作仪器，同时还应具备预判能力，根据水质各项指数的变化提前作出响应。由于我国水质监测工作起步较晚，技术人员的规模有限，专业度有所欠缺。
（3）精密设备过度依赖进口
      水质监测所用仪器大多属精密仪器设备，我国在这方面较发达国家还有一定差距，虽然检测仪器的国产化已经有了很大进步，但设备仍然主要依赖进口，造成检测成本高昂。
（4）第三方检测机构水平参差不齐，难以统一管理
      为推进国家地表水环境质量监测事权上收工作，2017年10月起国家大范围启动地表水采测分离工作，由第三方监测机构负责采样工作，并将水样加密后送至监测分析机构。此种做法虽然在一定程度上提高了水质信息的可靠性，但由于第三方机构的水平各有不同，在实际操作中的不规范会导致水质信息的不准确。另外，由于主管部门目前主要通过招投标的方式选择第三方检测机构，低价竞争的现象也随之而来，在一定程度上影响了水质检测工作的质量，对水质数据造成负面影响。
（5）监测成本高昂，难以大范围推广
      水质检测所用仪器大多属精密仪器，造价高昂且后期维护成本也是一笔不小的支出，所以只有一些大型的水质监测机构才有能力配齐所有仪器。一些中小城市、农村地区的监测能力也因此受限。这在一定程度上导致了全国范围内水质监测机构分布不均、监测水平存在差异。